Χμ, καταρχάς το find ψάχνει recursively σε όλα τα subdirs του etc γιαυτό ίσως δίνει παραπάνω αποτελέσματα από την 1η εντολή. Το grep για να γίνει recursive μπορείς να βάλεις μπροστά:
Αλλά από τη στιγμή που βάζεις μετά /etc/*.conf χάνεται το recursion. Για recursion με pattern στα ονόματα των αρχείων (".conf") τσέκαρε το --include του grep μαζί με το -nIr.
Δεν μπορώ να δοκιμάσω τώρα αλλά νομίζω η 2η σου εντολή πρέπει να δουλεύει σωστά.
Επίσης για να είσαι safe πάντα τα expressions (file, .conf) βάζε τα σε " " ή κάνε escape το * με \ ("\*").
Πάντα επίσης μπορείς να κάνεις τη χαμαλοδουλειά του να φτιάξεις μόνος σου ένα απλό directory με 2-3 αρχεία με 5-6 συγκεκριμένες λέξεις το καθένα και να δοκιμάζεις εκεί ξέροντας το σωστό αποτέλεσμα.